Актуальность. Традиционно при выявлении у плода ВПР с целью поиска этиологии заболевания используются цитогенетическое исследование и хромосомный микроматричный анализ плодного материала. Эти методы позволяют диагностировать хромосомную и микрохромосомную патологию, в случаях ВПР моногенной этиологии молекулярный диагноз остается неизвестным. Внедрение в пренатальную практику NGS позволило бы снизить количество случаев ВПР у плода, в которых этиологию ВПР установить не удалось. Однако применение метода NGS в пренатальной диагностике в настоящее время ограничено ввиду недостаточного опыта его использования.
Цель. Уточнение эффективности NGS для диагностики этиологии ВПР у плода.
Материалы и методы. В лаборатории «Генетико» проведено исследование образцов плодного материала, полученного путем инвазивной диагностики при 8 случаях выявления у плода ВПР (4 случая изолированных пороков сердца, головного мозга и желчного пузыря, 2 случая множественных ВПР, 2 случая скелетной дисплазии). Исследование проводилось после кариотипирования плодов стандартным цитогенетическим методом или сравнительной геномной гибридизации (CGH). В 1 случае исследована ДНК, выделенная из ворсин хориона, в 3 – ДНК, выделенная из амниотической жидкости, 2 образца пуповинной крови и 2 образца ДНК, выделенной из ткани плаценты. Исследование проводилось методом секвенирования следующего поколения. Полноэкзомные библиотеки были получены с помощью набора SureSelectXT Human All Exon V7. Высокопроизводительное секвенирование проводилось на платформе NovaSeq 6000 (Illumina). Результаты, удовлетворяющие требованиям к качеству образца, получены во всех случаях.
Результаты. В 5 из 8 случаев с помощью NGS удалось установить причину ВПР у плода. В 2 из 4 случаев изолированных пороков развития (коарктация аорты и лиссэнцефалия) обнаружены вероятно патогенные варианты в генах TBX1 и PEX1 соответственно, с высокой долей вероятности являющиеся причиной заболевания. У 1 из 2 (50%) плодов с комплексом множественных ВПР установлена причина заболевания – обнаружена ранее не описанная делеция в гене CHD7, обусловливающая развитие CHARGE-синдрома. Поскольку исследование проводилось в формате трио, одновременно был подтвержден de novo статус делеции. Этиологию скелетной дисплазии удалось установить у 2 из 2 плодов – обнаружены варианты, с высокой долей вероятности являющиеся причиной заболевания, в генах ARSE и COL1A2. Результаты NGS позволили установить высокий риск повтора в 2 из 8 обследованных семей (Х-сцепленная рецессивная точечная хондродисплазия, ассоциированная с мутациями в гене ARSE, и синдром Цельвегера, ассоциированный с аутосомно-рецессивными мутациями в гене PEX1), что позволяет планировать объем обследования при подготовке к следующей беременности.
Выводы. Полученные результаты свидетельствуют о перспективности использования метода секвенирования следующего поколения в пренатальной диагностике с целью повышения эффективности медико-генетического консультирования для оценки индивидуального риска рождения ребенка с патологией в семье.
